Начало Великой Отечественной войны застало Семёна Стояновского как ассистента оператора в составе военной киногруппы, созданной в апреле 1941 года для съёмок восхождения армейских спортсменов на Эльбрус. Уже 23 июня 1941 года киногруппа переместилась в Одессу, затем – в Кишинёв, где были отсняты первые эпизоды кинолетописи Отечественной войны. С апреля 1942 года С.А. Стояновский – ассистент оператора в штате Центральной студии кинохроники (с 1944г. – Центральная студия документальных фильмов), с октября 1944 года – оператор киногруппы 3-го Украинского фронта. В 1942 году он вёл съёмки боёв в районе Ростова, Сальска, Майкопа, Туапсе, Новороссийска, в 1943 году – наступления на Краснодар, битвы на Кубани, десанта в Крым, 1944-м снимал освобождение Одессы, Югославии, Болгарии, Венгрии. Стояновский снимал много и увлечённо, параллельно по несколько сюжетов: накапливал детали, штрихи солдатской жизни. В 1945 году, сражаясь за освобождение Вены с кинокамерой в руках, фронтовой кинооператор Семён Стояновский был тяжело ранен и скончался вечером 17 апреля. Ему ещё не было 28 лет. В кадрах кинохроники –прощание с С.А. Стояновским 19 апреля 1945 г. в австрийской столице, несколькими днями ранее освобождённой от фашистских захватчиков.